encode-toolkit 插件
20 ENCODE API tools + 47 expert skills for genomics research. Search experiments, download files with MD5 verification, run pipelines, and cross-reference 14 databases.
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安装
这个版本出现在已验证的市场清单 ammawla(仓库 ammawla/encode-toolkit)中。在 Claude Code 里依次执行:
- 添加市场
/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit - 安装插件
/plugin install encode-toolkit@ammawla
这些命令安装的是上游市场的当前状态,不是本页固定的提交快照,两者可能不同。
最新版本 0.3.4(提交 36836c8)的内容
内容 65
技能47
-
accessibility-aggregation
plugin/skills/accessibility-aggregation/SKILL.md固定链接 -
batch-analysis
plugin/skills/batch-analysis/SKILL.md固定链接 -
bioinformatics-installer
plugin/skills/bioinformatics-installer/SKILL.md固定链接 -
cellxgene-context
plugin/skills/cellxgene-context/SKILL.md固定链接 -
cite-encode
plugin/skills/cite-encode/SKILL.md固定链接 -
clinvar-annotation
plugin/skills/clinvar-annotation/SKILL.md固定链接 -
compare-biosamples
plugin/skills/compare-biosamples/SKILL.md固定链接 -
cross-reference
plugin/skills/cross-reference/SKILL.md固定链接 -
data-provenance
plugin/skills/data-provenance/SKILL.md固定链接 -
disease-research
plugin/skills/disease-research/SKILL.md固定链接 -
download-encode
plugin/skills/download-encode/SKILL.md固定链接 -
ensembl-annotation
plugin/skills/ensembl-annotation/SKILL.md固定链接 -
epigenome-profiling
plugin/skills/epigenome-profiling/SKILL.md固定链接 -
functional-screen-analysis
plugin/skills/functional-screen-analysis/SKILL.md固定链接 -
geo-connector
plugin/skills/geo-connector/SKILL.md固定链接 -
gnomad-variants
plugin/skills/gnomad-variants/SKILL.md固定链接 -
gtex-expression
plugin/skills/gtex-expression/SKILL.md固定链接 -
gwas-catalog
plugin/skills/gwas-catalog/SKILL.md固定链接 -
hic-aggregation
plugin/skills/hic-aggregation/SKILL.md固定链接 -
histone-aggregation
plugin/skills/histone-aggregation/SKILL.md固定链接 -
integrative-analysis
plugin/skills/integrative-analysis/SKILL.md固定链接 -
jaspar-motifs
plugin/skills/jaspar-motifs/SKILL.md固定链接 -
liftover-coordinates
plugin/skills/liftover-coordinates/SKILL.md固定链接 -
methylation-aggregation
plugin/skills/methylation-aggregation/SKILL.md固定链接 -
motif-analysis
plugin/skills/motif-analysis/SKILL.md固定链接 -
multi-omics-integration
plugin/skills/multi-omics-integration/SKILL.md固定链接 -
peak-annotation
plugin/skills/peak-annotation/SKILL.md固定链接 -
pipeline-atacseq
plugin/skills/pipeline-atacseq/SKILL.md固定链接 -
pipeline-chipseq
plugin/skills/pipeline-chipseq/SKILL.md固定链接 -
pipeline-cutandrun
plugin/skills/pipeline-cutandrun/SKILL.md固定链接 -
pipeline-dnaseseq
plugin/skills/pipeline-dnaseseq/SKILL.md固定链接 -
pipeline-guide
plugin/skills/pipeline-guide/SKILL.md固定链接 -
pipeline-hic
plugin/skills/pipeline-hic/SKILL.md固定链接 -
pipeline-rnaseq
plugin/skills/pipeline-rnaseq/SKILL.md固定链接 -
pipeline-wgbs
plugin/skills/pipeline-wgbs/SKILL.md固定链接 -
publication-trust
plugin/skills/publication-trust/SKILL.md固定链接 -
quality-assessment
plugin/skills/quality-assessment/SKILL.md固定链接 -
regulatory-elements
plugin/skills/regulatory-elements/SKILL.md固定链接 -
scientific-writing
plugin/skills/scientific-writing/SKILL.md固定链接 -
scrna-meta-analysis
plugin/skills/scrna-meta-analysis/SKILL.md固定链接 -
search-encode
plugin/skills/search-encode/SKILL.md固定链接 -
setup
plugin/skills/setup/SKILL.md固定链接 -
single-cell-encode
plugin/skills/single-cell-encode/SKILL.md固定链接 -
track-experiments
plugin/skills/track-experiments/SKILL.md固定链接 -
ucsc-browser
plugin/skills/ucsc-browser/SKILL.md固定链接 -
variant-annotation
plugin/skills/variant-annotation/SKILL.md固定链接 -
visualization-workflow
plugin/skills/visualization-workflow/SKILL.md固定链接
子代理7
-
atacseq-pipeline
plugin/agents/atacseq-pipeline.md固定链接 -
chipseq-pipeline
plugin/agents/chipseq-pipeline.md固定链接 -
cutandrun-pipeline
plugin/agents/cutandrun-pipeline.md固定链接 -
dnaseseq-pipeline
plugin/agents/dnaseseq-pipeline.md固定链接 -
hic-pipeline
plugin/agents/hic-pipeline.md固定链接 -
rnaseq-pipeline
plugin/agents/rnaseq-pipeline.md固定链接 -
wgbs-pipeline
plugin/agents/wgbs-pipeline.md固定链接
命令10
-
browse-files
plugin/commands/browse-files.md固定链接 -
cite-encode
plugin/commands/cite-encode.md固定链接 -
compare-experiments
plugin/commands/compare-experiments.md固定链接 -
cross-reference
plugin/commands/cross-reference.md固定链接 -
download-encode
plugin/commands/download-encode.md固定链接 -
log-provenance
plugin/commands/log-provenance.md固定链接 -
manage-credentials
plugin/commands/manage-credentials.md固定链接 -
quality-check
plugin/commands/quality-check.md固定链接 -
search-encode
plugin/commands/search-encode.md固定链接 -
track-experiments
plugin/commands/track-experiments.md固定链接
MCP 服务器1
-
encode-toolkit
plugin/.mcp.json固定链接
没有匹配的内容。
依赖、兼容性与技能声明
已记录的依赖 0
未从 plugin.json 或市场条目记录依赖要求。这里只显示随快照保存的清单字段;其他文件里的依赖声明不在当前采集范围内。
已记录的兼容要求
本快照没有从 plugin.json 或市场条目记录兼容性要求。这里只显示随快照保存的清单字段;技能文件 SKILL.md 头部的声明是另外采集的,如有会单独显示在「技能文件声明」中,不会覆盖或补入这里。
技能文件声明 47
下列内容是单独从各个技能文件(SKILL.md)在固定提交处的头部读取的,是文件自己写的声明文本,只作注解展示。它们与上方随快照保存的依赖、兼容要求(清单字段)分开保存,不会覆盖那些值;也不是包的许可证、版本、安装数或发布记录,且都没有经过核实。
证据范围与限制
- 每一项只对应一个固定提交下的一个文件,字段状态只对这个文件成立。多个组件指向同一个文件时合并成一项;内容完全相同的文件共用一次提取结果。
- 「文件中已声明」表示该文件头部写了这个字段。「此文件未声明」只在头部成功解析、且其中没有这个字段时出现。「声明无效」表示写了但类型、长度或字符不符合要求,不做改写或截断。「未读取」表示还没有读到可用的头部(尚未读取、读取失败、没有头部或头部无法解析),既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 兼容性与许可证文本是文件自述的原文,不代表实际可运行,也不是法律意见或许可证核验;metadata.version 只是文件内的注解,不是包版本,也不用于判断新旧。
- 列表按记录的来源归并本版本的技能组件。列出的来源仍可能未固定提交、未读取或不可用,具体状态逐项显示。采集按限额分批进行,不保证全部读完。
- 读取失败的文件会显示「可重试时间」,它只是采集器允许再次读取的时间,不是排期,也不保证会读取或完成。
第 41–47 项,共 47 个技能文件来源 · 截至
-
未读取plugin/skills/search-encode/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- search-encode
plugin/skills/search-encode/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
d20083696fb1b66252a7b79598b6fea57bc0996d- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- search-encode
-
未读取plugin/skills/setup/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- setup
plugin/skills/setup/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
7b42b27b63b796b8c42091335f677b96d9a8798c- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- setup
-
未读取plugin/skills/single-cell-encode/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- single-cell-encode
plugin/skills/single-cell-encode/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
266fc7176e9ccc62ddff344f67348e8d4ad895e0- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- single-cell-encode
-
未读取plugin/skills/track-experiments/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- track-experiments
plugin/skills/track-experiments/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
5ab90e5d09d093ca7842e645a818852e70ef5737- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- track-experiments
-
未读取plugin/skills/ucsc-browser/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- ucsc-browser
plugin/skills/ucsc-browser/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
19e894310512fc6fe7ae23cb1535d365c08661e9- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- ucsc-browser
-
未读取plugin/skills/variant-annotation/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- variant-annotation
plugin/skills/variant-annotation/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
070412c2e86e78aa2618ceea931a4a7354f6cbc3- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- variant-annotation
-
未读取plugin/skills/visualization-workflow/SKILL.md使用这个文件的组件 1
- visualization-workflow
plugin/skills/visualization-workflow/SKILL.md
文件声明字段
- 兼容性(文件声明)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- 许可证文本(文件声明,未核验)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
- metadata.version(文件注解)
- 未读取没有可用的头部,既不说明声明过,也不说明没声明过。
这个文件还没有可用的提取记录,三个字段都按「未读取」显示。
- 来源
- 打开固定源文件
- 仓库
ammawla/encode-toolkit- 固定提交
36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c- 文件身份
- 已记录普通文件身份
- blob SHA
cfbcc38b669636db6c872dc3adbbee8a4f1b8485- 模式
100644- 身份记录时间
- 头部解析
- 未读取
- 未读取原因
- 文件身份已记录,但内容还没有读取。
declaration_unread
尚无提取记录。
- visualization-workflow