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ModsDr. Alex M. Mawla, PhD

encode-toolkit 插件

20 ENCODE API tools + 47 expert skills for genomics research. Search experiments, download files with MD5 verification, run pipelines, and cross-reference 14 databases.

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安装

这个版本出现在已验证的市场清单 ammawla（仓库 ammawla/encode-toolkit）中。在 Claude Code 里依次执行：

  1. 添加市场/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit
  2. 安装插件/plugin install encode-toolkit@ammawla

这些命令安装的是上游市场的当前状态，不是本页固定的提交快照，两者可能不同。

最新版本 0.3.4（提交 36836c8）的内容

内容 65

技能47
子代理7
命令10
MCP 服务器1
依赖、兼容性与技能声明

已记录的依赖 0

未从 plugin.json 或市场条目记录依赖要求。这里只显示随快照保存的清单字段；其他文件里的依赖声明不在当前采集范围内。

已记录的兼容要求

本快照没有从 plugin.json 或市场条目记录兼容性要求。这里只显示随快照保存的清单字段；技能文件 SKILL.md 头部的声明是另外采集的，如有会单独显示在「技能文件声明」中，不会覆盖或补入这里。

技能文件声明 47

下列内容是单独从各个技能文件（SKILL.md）在固定提交处的头部读取的，是文件自己写的声明文本，只作注解展示。它们与上方随快照保存的依赖、兼容要求（清单字段）分开保存，不会覆盖那些值；也不是包的许可证、版本、安装数或发布记录，且都没有经过核实。

证据范围与限制
  • 每一项只对应一个固定提交下的一个文件，字段状态只对这个文件成立。多个组件指向同一个文件时合并成一项；内容完全相同的文件共用一次提取结果。
  • 「文件中已声明」表示该文件头部写了这个字段。「此文件未声明」只在头部成功解析、且其中没有这个字段时出现。「声明无效」表示写了但类型、长度或字符不符合要求，不做改写或截断。「未读取」表示还没有读到可用的头部（尚未读取、读取失败、没有头部或头部无法解析），既不说明声明过，也不说明没声明过。
  • 兼容性与许可证文本是文件自述的原文，不代表实际可运行，也不是法律意见或许可证核验；metadata.version 只是文件内的注解，不是包版本，也不用于判断新旧。
  • 列表按记录的来源归并本版本的技能组件。列出的来源仍可能未固定提交、未读取或不可用，具体状态逐项显示。采集按限额分批进行，不保证全部读完。
  • 读取失败的文件会显示「可重试时间」，它只是采集器允许再次读取的时间，不是排期，也不保证会读取或完成。

第 21–40 项，共 47 个技能文件来源 · 截至

  1. plugin/skills/integrative-analysis/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • integrative-analysis plugin/skills/integrative-analysis/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    47b1be9c84317bbce9b0c3d57db1462c45e8bf10
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  2. plugin/skills/jaspar-motifs/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • jaspar-motifs plugin/skills/jaspar-motifs/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    1f3b29c099d43421f525a2e8dd748f8e008cde60
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  3. plugin/skills/liftover-coordinates/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • liftover-coordinates plugin/skills/liftover-coordinates/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    c5add143d801b492b4dce00588ab02bda54bddb1
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  4. plugin/skills/methylation-aggregation/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • methylation-aggregation plugin/skills/methylation-aggregation/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    0fe10834e5b4b9141bd0e1a1d861cabf4f192af2
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  5. plugin/skills/motif-analysis/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • motif-analysis plugin/skills/motif-analysis/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    a5cefeb9c35392f9b0175318f3dbdc39c717af49
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  6. plugin/skills/multi-omics-integration/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • multi-omics-integration plugin/skills/multi-omics-integration/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    80d2c0e07b14b44c88bbdb1f2d9a243fe64abf2e
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  7. plugin/skills/peak-annotation/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • peak-annotation plugin/skills/peak-annotation/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    61c2367bcc3069e3f6bc063b9ec1319e5cfbfb7a
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  8. plugin/skills/pipeline-atacseq/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-atacseq plugin/skills/pipeline-atacseq/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    2deacf198aadfa246923a1ce9a30779b414a7853
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  9. plugin/skills/pipeline-chipseq/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-chipseq plugin/skills/pipeline-chipseq/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    347e95d7f2d6a887bcf63be085a3787df882ed10
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  10. plugin/skills/pipeline-cutandrun/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-cutandrun plugin/skills/pipeline-cutandrun/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    c52536598ebfa57f2df7edfe6141504d013b4f8b
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  11. plugin/skills/pipeline-dnaseseq/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-dnaseseq plugin/skills/pipeline-dnaseseq/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    654f358c17aa5f0b38b5a192fbd05c7b5021d051
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  12. plugin/skills/pipeline-guide/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-guide plugin/skills/pipeline-guide/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    8d81219c297a3a769877680eddf0dd90baeaaf07
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  13. plugin/skills/pipeline-hic/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-hic plugin/skills/pipeline-hic/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    49cf0ce8d4430d7af6e01387348a23f06007094c
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  14. plugin/skills/pipeline-rnaseq/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-rnaseq plugin/skills/pipeline-rnaseq/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    471588eded1e17c33a207c36a3fbac2b6fe6ca44
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  15. plugin/skills/pipeline-wgbs/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • pipeline-wgbs plugin/skills/pipeline-wgbs/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    ca656be92f5d1efd94418a867ed9afe8112ebc32
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  16. plugin/skills/publication-trust/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • publication-trust plugin/skills/publication-trust/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    9d3578aa2d956f98fe3289b18f5fa73bd7b1ab4a
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  17. plugin/skills/quality-assessment/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • quality-assessment plugin/skills/quality-assessment/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    f482589cd41d9d1d9740b917f3956bd3530e861b
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  18. plugin/skills/regulatory-elements/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • regulatory-elements plugin/skills/regulatory-elements/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    0a9886c46a133cf25ae3446544e6d42bb393f1ba
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  19. plugin/skills/scientific-writing/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • scientific-writing plugin/skills/scientific-writing/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    da78624c4bfb71c51ffb7c63d51619e870a8458e
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

  20. plugin/skills/scrna-meta-analysis/SKILL.md

    未读取

    使用这个文件的组件 1

    • scrna-meta-analysis plugin/skills/scrna-meta-analysis/SKILL.md

    文件声明字段

    兼容性（文件声明）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    许可证文本（文件声明，未核验）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。
    metadata.version（文件注解）
    未读取没有可用的头部，既不说明声明过，也不说明没声明过。

    这个文件还没有可用的提取记录，三个字段都按「未读取」显示。

    仓库
    ammawla/encode-toolkit
    固定提交
    36836c8725fd4d20d9c851ce314f5151aea5f57c
    文件身份
    已记录普通文件身份
    blob SHA
    a64a63a63b00a1e45818d4fdf50c28a2289d5bba
    模式
    100644
    身份记录时间
    头部解析
    未读取
    未读取原因
    文件身份已记录，但内容还没有读取。 declaration_unread

    尚无提取记录。

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